La labor académica del Instituto San Martín se divide en secciones o ciclos respondiendo a las necesidades educativas de cada etapa de la vida escolar de nuestros estudiantes. La sección de Educación Básica Inicial cubre desde el pre kínder a segundo básico. La sección de Enseñanza Básica abarca formalmente desde tercero a sexto básico. A continuación, la Enseñanza Media Inicial cubre el rango desde séptimo a segundo medio. Finalmente, la sección de Enseñanza Media Superior atiende las necesidades de tercero y cuarto medio.

Cada sección cuenta con equipos humanos multidisciplinarios que están dispuestos para apoyar a los estudiantes: educadores, inspectores, psicólogos, sicopedagogos y orientadores que aúnan sus esfuerzos para el apoyo constante del alumnado marista que lo requiera.

En la actualidad, una gran cantidad  de educadores se perfecciona constantemente; esta tarea es llevada a cabo por la coordinación académica atendiendo las necesidades de las respectivas secciones del instituto y muchos de ellos cuentan con grados de Magíster, diplomados y licenciados.

En la actualidad la directora del Sección Básica (Pre kínder a sexto básico) es la Srta. Catherinna Wehinger ; directora de Sección Enseñanza Media Inicial (séptimo básico a cuarto medio) es el Sr. Juan Francisco Reyes y director de la Sección Enseñanza Media Superior es el Sr. Waldo Maldonado.