El Instituto San Martín cuenta con dos laboratorios de Ciencias que cuentan con un completo equipamiento para que niños y jóvenes desde pre kínder a cuarto medio lleven adelante las experiencias prácticas para complementar los conocimientos adquiridos en las salas de clases en las asignaturas de Comprensión del Medio, Química, Biología y Física.

Los laboratorios cuentan con un gran stock de material de vidrio, porcelana, microscopios, balanzas digitales, lupas, buretas automáticas, muestras histológicas y un gran número de reactivos que se van renovando de manera constante siendo uno de los laboratorios con mejor equipamiento colegial de la ciudad.

Los laboratorios están a cargo de una persona, Srta. Guicela Gallardo, encargada de la coordinar junto a los profesores el uso y administración de esos recintos. Para su uso deben solicitados con 48 horas de anticipación previa entrega de una guía para que cuando los estudiantes lleguen a los puestos de trabajo se disponga del material y reactivos necesario para comenzar el trabajo.