La Pastoral del Instituto San Martín se alinea directamente con la rectoría y el Consejo Directivo (CODI)  a través de la Coordinación de Evangelización Explícita acompañando de manera transversal las diversas etapas del desarrollo espiritual de cada alumna y alumno en un recorrido de se inicia desde pre kínder hasta cuarto medio.

Se comparten experiencias graduadas a la edad y nivel de los niños y jóvenes, donde el encuentro con la palabra de Dios, con el hermano, con la celebración comunitaria y la oración son fundamentales en el crecimiento particular y humano de cada persona.

Es importante destacar que el sello marista se irradia desde este importante estamento colegial a toda la organización: alumnos, familias, educadores, personal administrativo, auxiliaracompañando el caminar del instituto. A través de ese sello evangelizador se contribuye a la formación espiritual, a la adhesión de los preceptos de la Iglesia Católica conjuntamente con las prioridades de la congregación marista.

El proyecto pastoral del Instituto San Martín  propicia el encuentro personal y comunitario con Jesús, la cercanía con Dios, la estrecha vinculación con la iglesia local y, muy fuertemente, el compromiso con el carisma del fundador de la congregación marista, San Marcelino Champagnat.