Los Encuentros con Cristo fueron creados en 1963 por el Padre Eduardo Levy, sacerdote jesuita. Nacieron con cuatro objetivos: unir a todos; unirlos con Dios a nivel personal y grupal; conocer su propia persona y la de sus compañeros y mejorar y ayudar a mejorar.

El programa de Encuentros con Cristo ofrecido a nuestros alumnos en la sección de básica busca facilitar a los(as) niños(as) una experiencia de encuentro personal y grupal con Cristo. Para cada nivel de escolaridad se plantea unos objetivos particulares de acuerdo con el desarrollo evolutivo y se han diseñado las actividades correspondientes. Se hizo como respuesta a la necesidad de complementar las clases de religión con una experiencia de Dios.

Los Encuentros con Cristo son momentos únicos e íntimos, parte integral de la formación y educación de los alumnos del Instituto San Martín. Nacen de la necesidad de complementar la formación religiosa, con una experiencia de Dios que pusiera el acento en el encuentro personal y grupal con Cristo.

Para el colegio, son un hito. Las jornadas se realizan por curso, una vez al año, son reuniones de varias horas donde el grupo se reúne con Jesús, como comunidad, de manera muy dinámica.

Para su preparación, los animadores toman en cuenta la realidad psicoespiritual de cada curso. Los niños y niñas son acompañados durante la jornada por papás y mamás, los que pasan a ser madrinas y/o padrinos. Estos son preparados unas semanas antes en reuniones por curso, donde se les cuenta de qué se trata la actividad y se preparan las dinámicas que se realizarán.

Para los niños, la participación de los "papás padrinos" es muy importante. "Ellos se convierten en un punto de referencia para los niños", "Es un trabajo familiar, cotidiano, íntimo y respetuoso, muy esperado por los alumnos de cada curso".