El Instituto San Martín cuenta con tres modernos gimnasios (el último, sala de musculación, entregado en marzo de 2016) y una sala de danza. Equipados al más alto nivel para la práctica de las diversas disciplinas deportivas que en el colegio se desarrollan. Estos reductos deportivos se encuentran ubicados en las dependencias del establecimiento y son ocupados por estudiantes y apoderados quienes pueden practicar basquetbol, voleibol, fútbol y gimnasia.

Además la sección de básica dispone de multicanchas para la práctica del baby fútbol, basquetbol y voleibol. En su patio hay dos zonas deportivas con techumbre permitiendo la práctica intensiva de deportes durante todo el año. El patio de enseñanza media inicial también posee dos multicanchas con medidas reglamentarias, facilitando la actividad deportiva permanente y variada del basquetbol, voleibol o baby fútbol.

Otra de las características del Instituto San Martín es contar con el Parque Estadio Marista, propiedad de 60.000 m2 que cuenta con tres canchas de fútbol con césped, pista atlética de ceniza, camarines, baños, juegos infantiles y espacios recreativos para toda la familia. Además hay habilitado una enfermería equipada para entregar las primeras atenciones de ser necesario.

También se dispone de salas de multipropósito para desarrollar diversas tareas en un grato y entorno de hermosa naturaleza.